Den ortodokse kirke kjenner i dag ingen lærestridigheter eller dogmatiske problemer. De problemer som opptar mange, er av praktisk og disiplinær karakter. På grunn av de politiske omveltninger som har funnet sted i de ortodokse områder av verden, har der funnet sted en stor utvandring av ortodokse kristne til andre steder. Der har det blitt opprettet menigheter av og for dem, og disse menighetene har vært av nasjonal karakter. Man har også i stor grad knyttet organisatorisk an til sitt hjemlands Kirke. Det betyr at der i "diasporaen" (dvs. områder utenfor de anerkjente ortodokse nasjonalkirkers områder) finnes en hel rekke kirkelige strukturer på tvers av hverandre. Dette betyr igjen dårlig kristent fellesskap og dårlig utnyttelse av ressurser. I tillegg til dette har der blitt opprettet en rekke såkalte "utenlands-kirker". Disse står ofte i opposisjon til sine moder-kirker, som de betrakter som falne, på grunn av deres kompromisser og samarbeide med myndighetene i hjemlandet. Dette er alvorlige, men ikke uløselige problemer. Et problem i denne sammenheng er visse grupperinger som kaller seg "gammel-kalenderister". De har oppstått i de lokalkirkene som har gått over til den "nye" (gregorianske) kalenderen. Det er særlig i Hellas og Romania at dette er et stort problem. Først og fremst er dette et ordnings-spørsmål, men utbrytergruppene ser også på det som et tros-spørsmål. Etter at problemet med monofysittene nylig er blitt løst på lykkelig vis, er det forholdet til romerkirken som er det store økumeniske problem.
Her har de ortodokse ikke noen mulighet for kompromiss, og der er da også lite som hittil er oppnådd av substansielle resultater i de pågående samtaler.